Ômicron: O que sabemos sobre a nova variante do SARS-COV-2?

Ômicron: O que sabemos sobre a nova variante do SARS-COV-2?

No final de novembro, as infecções do novo coronavírus aumentaram abruptamente na África do Sul, coincidindo com a detecção da variante Ômicron (B.1.1.529). 

A primeira infecção confirmada foi de uma amostra coletada no dia 9 de novembro de 2021. Após observarem o aumento dos casos relacionados à nova variante, pesquisadores da África do Sul a reportaram à Organização Mundial da Saúde (OMS) no dia 24 de novembro e, em seguida, ela já foi relatada em outros países, sugerindo uma alta transmissibilidade (1,2).

A avaliação do Grupo de Aconselhamento Técnico sobre a evolução do vírus SARS-CoV-2 (The Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution), da OMS, nomeou a nova variante de Ômicron e a qualificou como uma variante de preocupação no dia 26 de novembro de 2021 (1). 

Assim, a variante Ômicron passa a integrar o mesmo grupo que as variantes Alfa, Beta, Gama e Delta.

Desde a sua notificação, a variante Ômicron já foi detectada em todos os continentes e, até o dia 16 de dezembro, em pelo menos 89 países (2,3), incluindo o Brasil (os primeiros casos foram reportados em São Paulo na última semana de novembro).

 

 Veja a seguir o que sabemos sobre a Ômicron até o momento:

 

Principais mutações 

O SARS-CoV-2, agente etiológico da COVID-19, tem cerca de 30.000 nucleotídeos e codifica 4 proteínas: Envelope, Membrana, Nucleocapsídeo (que envolve o RNA viral) e Spike (Figura 1). 

A proteína Spike é usada pelo coronavírus para entrar nas células humanas através do domínio de ligação ao receptor e também é o alvo dos anticorpos produzidos pelo sistema imunológico depois da contaminação pelo SARS-CoV-2 ou vacinação (4). 

Mutações que afetam a conformação da proteína Spike estão presentes em todas as variantes de preocupação. A Ômicron possui entre 26 e 32 mutações na região codificadora da proteína Spike, muitas das quais estão localizadas dentro do domínio de ligação ao receptor,  três deleções e uma inserção, além de mutações em outras regiões do genoma viral (2, 5). Algumas dessas mutações são preocupantes pois podem estar associadas ao escape da resposta imune humoral (anticorpos) e maior transmissibilidade do vírus (3).

Variante ômicron

Figura 1. Estrutura do SARS-CoV-2 e alterações na proteína Skipe da variante Ômicron.

 

 

É mais transmissível?

Evidências recentes mostram que a variante Ômicron apresenta uma transmissibilidade maior do que a variante Delta. A nova variante tem se espalhado significativamente mais rápido, dobrando o número de casos entre 1,5 a 3 dias (3). 

A OMS também informou que em países com altos níveis de imunidade populacional (ou seja, países em que a maior parte da população está imunizada), a Ômicron também está se espalhando rapidamente. Ainda é incerto até que ponto a rápida taxa de crescimento pode ser atribuída à evasão imunológica, aumento da transmissibilidade intrínseca ou uma combinação de ambos fatores. 

Conforme as informações disponíveis até o momento, é provável que as infecções pela variante Ômicron ultrapassem as da Delta nas regiões em que está ocorrendo a transmissão comunitária (aquela em que não é possível rastrear a origem da infecção, indicando que o vírus circula entre as pessoas) (3).

 

É mais grave? 

Ainda é muito cedo para tirarmos conclusões, mas dados preliminares da África do Sul e Inglaterra apontam que a Ômicron está associada ao aumento do risco de reinfecção pelo SARS-CoV-2 (5, 6), e pode levar a quadros menos severos do que a Delta (7). Contudo, devido ao aumento significativo da transmissão, já é evidente que as hospitalizações na África do Sul e na Inglaterra estão aumentando, sendo possível que haja uma sobrecarga dos sistemas de saúde e um aumento no número de mortes (3).

A OMS afirma que todas as variantes da COVID-19 podem causar formas graves da doença ou morte, particularmente em pessoas mais vulneráveis. Portanto, a prevenção é sempre fundamental (8).

 

As vacinas protegem?

A OMS está avaliando de perto o impacto da variante Ômicron sobre as vacinas para Covid-19. Os resultados dos estudos de eficácia da vacina foram obtidos na África do Sul e na Inglaterra. 

Na África do Sul, a Discovery Health (uma seguradora de saúde privada) publicou um comunicado à imprensa a respeito das descobertas preliminares da eficácia da vacina contra infecção e hospitalização. A vacina da Pfizer demonstrou uma eficácia de 33% contra a infecção e 70% contra a hospitalização (7).

Na Inglaterra, os dados preliminares indicaram que (em comparação com Delta) a Ômicron reduz significativamente a eficácia das vacinas Pfizer e AstraZeneca contra a doença (até 34%). Contudo, a dose de reforço da vacina Pfizer é capaz de recuperar a eficiência (para cerca de 70%)(9). 

A Moderna, outra fabricante da vacina contra o SARS-CoV-2, demonstrou que a dose de reforço de 50mg (metade da dose que foi dada nas duas primeiras doses) da sua vacina eleva o nível de anticorpos no sangue em 37 vezes, e com a dose total (100 mg) o aumento chega a 83 vezes (10).

Assim, segundo os resultados que temos até o momento, espera-se que as doses de reforço da vacina mantenham a proteção contra a variante Ômicron (11).

 

Como diagnosticar?

Os exames que detectam o material genético do vírus são a principal ferramenta para diagnóstico de infecções pelo SARS-CoV-2.

Os testes RT-LAMP e RT-PCR (12,13), amplamente utilizados para o diagnóstico de COVID-19, continuam detectando as infecções causadas pela Ômicron e outras variantes (14).  

O RT-LAMP (amplificação isotérmica mediada  por  loop  com  transcriptase  reversa), é uma técnica molecular já extensamente utilizada para o diagnóstico de várias doenças infecciosas como Dengue, Chikungunya, Hepatite A e Zika (15, 16). A técnica é extremamente robusta para detecção de RNA viral e se tornou uma forte aliada na detecção do novo coronavírus (14).

 

O exame de diagnóstico molecular de COVID-19 da Mendelics

O #PARECOVID tem capacidade de testagem diária de 110 mil amostras, e os resultados são disponibilizados em até 24 horas após a amostra chegar ao laboratório. 

O #PARECOVID, que utiliza amostras de saliva, identifica regiões do material genético do SARS-Cov-2 diferentes das regiões que sofreram mutações nas variantes, inclusive da ômicron.  

Desta forma, o teste #PARECOVID é capaz de identificar com igual precisão as novas linhagens de importância clínica recentemente relatadas, contribuindo para o rastreamento do vírus e a prevenção da transmissão na população.

 


Referências

  1. Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern. http://www.who.int. Published November 26, 2021. 
  2. Weekly epidemiological update on COVID-19 – Published December 14, 2021. 
  3. Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States. http://www.who.int. Published December 17, 2021.
  4. Huang Y, Yang C, Xu X, Xu W, Liu S. Structural and functional properties of SARS-CoV-2 spike protein: potential antivirus drug development for COVID-19. Acta Pharmacologica Sinica. 2020;41(9):1141-1149. doi:10.1038/s41401-020-0485-4
  5. Pulliam J, Schalkwyk C, Govender N,et al. Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa. medRxiv 2021.11.11.
  6. Ferguson N, Ghani A, Cori A et al. Growth, population distribution and immune escape of the Omicron in England. Imperial College London (16-12-2021).
  7. Discovery Health, South Africa’s largest private health insurance administrator, releases at-scale, real-world analysis of Omicron outbreak based on 211 000 COVID-19 test results in South Africa. Published December 12, 2021. 
  8. Update on Omicron. www.who.int. Published November 28, 2021. https://www.who.int/news/item/28-11-2021-update-on-omicron
  9. Andrews N, Stowe J, Kirsebom F, et al. Effectiveness of COVID-19 vaccines against the Omicron (B.1.1.529) variant of concern. medRxiv 2021.12.14.
  10. Moderna Announces Preliminary Booster Data and Updates Strategy to Address Omicron Variant. investors.modernatx.com. 
  11. Cong Z, J Evans J, Qu P, et al. Neutralization and Stability of SARS-CoV-2 Omicron Variant. bioRxiv 2021.12.16.472934
  12. Watson J, Whiting PF, Brush JE. Interpreting a covid-19 test result. BMJ. 2020;369:m1808, 2020.
  13. Lamb LE, Bartolone SN, Ward E, Chancellor MB. Rapid detection of novel coronavirus/Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification. PLoS One. 2020;15(6):e0234682.
  14. Tamanaha E, Zhang Y, Tanner N.Profiling RT-LAMP tolerance of sequence variation for SARS-CoV-2 RNA detection. bioRxiv 2021.10.25.465706
  15. Wang X, Yin F, Bi Y, et al. Rapid and sensitive detection of Zika virus by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification. J Virol Methods. 2016;238:86‐93.4
  16. #PARECOVID. 
COVID-19: transmissão de SARS-COV-2 pelo ar

COVID-19: transmissão de SARS-COV-2 pelo ar

A importância da ventilação de ambientes fechados na contenção da COVID-19

Há muito já se sabe que ambientes fechados e mal ventilados favorecem a transmissão de doenças infecciosas, como as influenzas (gripes). Recentemente, um estudo demonstrou que a má ventilação foi o grande fator responsável por um surto de COVID-19 iniciado em um restaurante na cidade de Guangzhou, na China, em janeiro de 2020.

 

O surto

No início de fevereiro de 2020, 10 pessoas de três famílias diferentes testaram positivo para COVID-19 em Guangzhou. Após o rastreio desses casos, as autoridades chinesas descobriram que as três famílias haviam almoçado no mesmo restaurante no Ano Novo Chinês (24 de janeiro). (1)

Uma das famílias (família A) vivia originalmente em Wuhan, o epicentro da pandemia, e estavam em Guangzhou a passeio. O primeiro indivíduo a apresentar sintomas da infecção pertencia a essa família e, muito provavelmente, foi o caso 0 desse surto. (1)

Nenhum dos indivíduos das outras duas famílias presentes no almoço apresentava qualquer sintoma de COVID-19, ou haviam tido contato prévio com casos confirmados da doença, tão pouco com outros habitantes de Wuhan. (1)

Todas as três famílias sentaram-se em mesas adjacentes na área menos ventilada do restaurante, sendo que a família A estava alocada na mesa do meio, entre as duas outras famílias. (1)

 

Transmissão

Os pesquisadores simularam as condições de ventilação no restaurante durante o almoço para verificar se as gotículas expelidas por alguém na mesa da família A poderiam atingir os integrantes das outras duas famílias nas mesas vizinhas. (1)

Para isso, posicionaram um manequim com um aerossol de etano (um gás) na cadeira do suspeito caso 0, e mediram a concentração desse gás em outras cadeiras do restaurante (1).

Com isso, conseguiram mapear por onde as gotículas contaminadas poderiam ter se espalhado e qual a importância das diferentes correntes de ar (aparelhos de ar condicionado, portas e exaustores nos banheiros) nesse processo. (1)

Os pesquisadores chegaram à algumas conclusões (1):

  • A região onde se encontravam as mesas dessas famílias, no fundo do restaurante, é a que menos recebe ventilação natural.
  • O aparelho de ar condicionado que ventila no fundo do restaurante ajuda a criar uma corrente de ar que circula somente sobre essas três mesas.
  • As câmeras de vídeo do restaurante mostram que não houve contato direto do caso 0 com o restante das mesas, indicando que a transmissão ocorreu pelo ar.

 

surto covid restaurante china

Disposição das mesas e do paciente zero no restaurante. Em vermelho está representada a corrente de ar que circulou pelas três mesas onde ocorreram as infecções.

 

Em resumo, a má circulação do ar no fundo do restaurante criou um ambiente propício para a transmissão aérea do vírus SARS-Cov-2, resultando em nove novas infecções (1).

Outras simulações também já avaliaram a transmissibilidade do vírus pelo ar em outros locais, como escolas, boates e salas de estar (2), e até em veículos (3). Além disso, esses estudos avaliaram que o uso de máscaras diminuiria em quase 50% o número de novos contágios (2).

Todos esses estudos deixam clara a importância de evitar ambientes fechados e mal ventilados, e sempre usar máscaras com uma boa vedação durante a pandemia.

Recentemente (07/05) a CDC (Center for Disease Control and Prevention), órgão americano de controle e prevenção de doenças, incluiu a transmissão por partículas no ar como um dos principais meios de contágio pelo vírus SARS-Cov-2. (4)

Cuide da sua saúde e da saúde daqueles à sua volta. Evite ambientes fechados. Vacine-se. Use máscara e lave as mãos. Teste periodicamente e ajude a conter a epidemia no Brasil.

 

Vamos parar a COVID-19

A Mendelics desenvolveu, em maio de 2020, o primeiro teste em amostra de saliva do Brasil, o #PARECOVID: o teste molecular mais acessível, com qualidade comparável ao RT-PCR, com capacidade de testagem diária de até 110.000 amostras, e resultados disponibilizados em até 24 horas. (5)

A Mendelics conta com uma equipe dedicada exclusivamente ao suporte de clientes #PARECOVID. Entre em contato conosco pelo telefone (11) 4637-4356 ou acesse nosso site para que possamos auxiliá-lo no retorno seguro da sua empresa ou centro educacional.

 


Referências

  1. Y. Li et al., “Probable airborne transmission of SARS-CoV-2 in a poorly ventilated restaurant,” Building and Environment, vol. 196, p. 107788, Jun. 2021.
  2. M. Zafra e J. Salas, “Uma sala de estar, um bar e uma sala de aula: assim o coronavírus é transmitido pelo ar”, EL PAÍS, Oct. 26, 2020. Acesso em 28 de abril de 2021. https://brasil.elpais.com/ciencia/2020-10-26/uma-sala-de-estar-um-bar-e-uma-sala-de-aula-assim-o-coronavirus-e-transmitido-pelo-ar.html
  3. M. Zafra e J. Salas, “Não respire o ar alheio: como evitar o coronavírus em ambientes fechados”, EL PAÍS, Mar. 30, 2021. Acesso em 28 de abril de 2021. https://brasil.elpais.com/ciencia/2021-03-30/nao-respire-o-ar-alheio-como-evitar-o-coronavirus-em-ambientes-fechados.html?prm=ep-app-articulo
  4. CDC, “Coronavirus disease 2019 (COVID-19),” Centers for Disease Control and Prevention, Mai. 07, 2021. Acesso em 10 de maio de 2021. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/science/science-briefs/sars-cov-2-transmission.html#
  5. P. Asprino et al., “A scalable saliva-based, extraction-free rt-lamp protocol for sars-cov-2 diagnosis”, [preprint], Out. 2020.
A importância da saliva para a COVID-19

A importância da saliva para a COVID-19

Carga viral na saliva e COVID-19

De acordo com novos estudos, testes de SARS-CoV-2 na saliva são mais sensíveis e baratos dos que os testes em amostras de nasofaringe e, além disso, também podem indicar como a doença de um paciente com coronavírus irá se desenvolver.

 

Teste para COVID-19

Desde o início da pandemia do SARS-CoV-2, estudos científicos demonstraram que a testar continuamente a população era a melhor forma de garantir o retorno seguro das atividades. A testagem em massa identifica assintomáticos e pré-sintomáticos e é a melhor estratégia para reduzir a transmissão da COVID-19 e impedir novos surtos.

A maioria dos testes diagnósticos de COVID-19, como o RT-PCR, são feitos a partir da coleta de swab nasofaríngeo, no qual um cotonete é introduzido na garganta ou no nariz do paciente. Esse tipo de coleta causa desconforto nos pacientes e aumenta o risco de contaminação dos profissionais de saúde.

No início de 2020 houve uma enorme demanda mundial de testagem, o que causou a escassez do kit de coleta de swab em todo o mercado. A falta de insumos para os testes de RT-PCR por swab nasofaríngeo também contribuiu para a limitação da capacidade de testagem no Brasil.

Concomitantemente, se tornou crescente o desenvolvimento de testes de detecção do SARS-CoV-2 pela saliva. A Mendelics desenvolveu, em maio de 2020, o primeiro teste em amostra de saliva do Brasil, o #PARECOVID

O teste na saliva é sensível e custa menos

A escolha da saliva foi embasada por artigos que demonstraram que a saliva é tão eficaz e sensível quanto amostras nasofaríngeas para identificar o SARS-CoV-2. 

Muitos estudos já apontaram os benefícios do teste na saliva. Recentemente, em janeiro de 2021, uma revisão sistemática e meta-análise realizada por pesquisadores da universidade de McGill, no Canadá, concluiu que testes com saliva são tão eficazes quanto com swab nasal. O grupo incluiu na pesquisa 37 estudos que incluíam ≥5 amostras pareadas de swab nasofaríngeo e saliva (1). 

Além disso, os pesquisadores analisaram os custos associados aos dois tipos de coleta (swabs, meios de transporte, recipientes e equipamentos de proteção individual). O resultado demonstrou que, além do teste na saliva ser mais sensível, também custa menos do que o teste que utiliza swab nasofaríngeo (1).

 

A saliva pode indicar gravidade da COVID-19

Desde o início da pandemia de COVID-19, um dos maiores desafios para médicos, cientistas e especialistas da área é compreender a grande variabilidade de sintomas associados à infecção por SARS-CoV-2, e identificar uma correlação clínica que explique os casos graves e a mortalidade.

Nesse ínterim, variantes genéticas em genes do sistema de grupos sanguíneos ABO e em genes associados à resposta imune inata e aos processos inflamatórios foram associadas aos casos mais graves de COVID-19. 

Outros estudos analisaram a carga viral em amostras corporais, como: nasofaringe, expectoração, saliva, plasma, urina e fezes de modo a identificar uma correlação com o desfecho clínico em cada caso. Alguns desses estudos, observaram associação entre a carga viral nasofaríngea e aspectos específicos da COVID-19. 

Na tentativa de identificar um fator clínico capaz de distinguir casos leves e graves da COVID-19, cientistas da Universidade de Yale e colaboradores buscaram possíveis associações entre a carga viral na saliva e parâmetros importantes da doença (4).

Na pesquisa científica descrita no artigo publicado na medRxiv em janeiro “Saliva viral load is a dynamic unifying correlate of COVID-19 severity and mortality”, os pesquisadores analisaram a carga viral de amostras de saliva e da nasofaringe ao longo do tempo e as correlacionaram com dados demográficos do paciente e com alguns aspectos biológicos (2). 

 

A carga viral na saliva é uma importante medida clínica

Foram incluídos no estudo, 172 pessoas com COVID-19 classificadas conforme gravidade dos sintomas, incluindo um grupo de pessoas não-hospitalizadas (109), com a doença moderada  (81), grave (42) e fatal (23 pessoas morreram durante o estudo). Como grupo controle foram incluídos 108 profissionais da saúde não infectados.

Os resultados do estudo demonstraram que a carga viral da nasofaringe não é equivalente à saliva em processos de doença na COVID-19 e que a carga viral medida pela saliva está associada a forma de apresentação da COVID-19, sua gravidade e sua mortalidade ao longo do tempo.

Os cientistas observaram que a carga viral da saliva estava significativamente maior em pacientes com fatores de risco para COVID-19, como hipertensão e doença pulmonar crônica, e que se correlacionava com níveis crescentes de gravidade da doença demonstrando ser um bom preditor de morbidade ao longo do tempo.

Ao analisar aspectos biológicos mais específicos, como fatores imunológicos e celulares, os cientistas observaram preditores de alta e baixa carga viral na saliva, que estão associados com aumento da gravidade da doença ou com melhores desfechos. 

Esses preditores são, por exemplo, marcadores de inflamação já bem conhecidos, como as interleucinas (IL-6, IL-18, IL-10 e CXCL10). No estudo, essas interleucinas se mostraram positivamente associadas a carga viral na saliva. Isto é, quanto mais vírus na saliva, mais inflamação. 

Outros preditores observados foram as plaquetas, linfócitos e alguns subconjuntos de células T, que diminuem progressivamente à medida que a carga viral aumenta, demonstrando um papel fundamental na resposta humoral contra a replicação do vírus.

O artigo também descreveu uma correlação negativa entre carga viral e anticorpos IgG. Pacientes com COVID-19 fatal exibiram cargas virais mais elevadas, que se correlacionaram com a diminuição da quantidade de um subgrupo de células T e produção mais baixa de níveis de alguns tipos de anticorpos IgG (anti-proteína Spike (S) e anti-domínio de ligação ao receptor (RBD)).

De modo geral, o artigo revela um importante papel da carga viral da saliva como uma medida clínica de gravidade da doença e mortalidade da COVID-19 e, também, ressalta a importância do monitoramento da carga viral desde o início dos sintomas da COVID-19.

Saiba porque é importante continuar se testando mesmo depois de se vacinar para a CVID-19.

 


Referências

  1.  Bastos ML, Perlman-Arrow S, Menzies D, Campbell JR. The Sensitivity and Costs of Testing for SARS-CoV-2 Infection With Saliva Versus Nasopharyngeal Swabs : A Systematic Review and Meta-analysis. Ann Intern Med. 2021 Jan 12. doi: 10.7326/M20-6569. Epub ahead of print. PMID: 33428446.
  2. Silva J, Lucas C, Sundaram M, Israelow B, Wong P, Klein J, Tokuyama M, Lu P, Venkataraman A, Liu F, Mao T, Oh JE, Park A, Casanovas-Massana A, Vogels CBF, Muenker CM, Zell J, Fournier JB, Campbell M, Chiorazzi M, Ruiz Fuentes E, Petrone M, Kalinich CC, Ott IM, Watkins A, Moore AJ, Nakahata MI, Grubaugh ND, Farhadian S, Dela Cruz C, Ko A, Schulz WL, Ring AM, Ma S, Omer S, Wyllie AL, Iwasaki A. Saliva viral load is a dynamic unifying correlate of COVID-19 severity and mortality. medRxiv [Preprint]. 2021 Jan 10:2021.01.04.21249236. doi: 10.1101/2021.01.04.21249236. PMID: 33442706; PMCID: PMC7805468.